综合工时制下加班费的计算方法是：工作日和休息日发生的延长工作时间，应按照劳动者本人小时工资标准的150%计发加班工资；法定节假日工作的，需按照劳动者本人日或小时工资标准的300%支付法定节假日报酬。

此外，如果劳动合同有约定的，则以劳动合同上约定的本人工资为准。