雇员在交通事故纠纷中达成赔偿协议并获得赔偿后，一般情况下，不能再向雇主主张赔偿损失。因为赔偿协议一旦达成并履行，即视为双方就此次事故达成了最终解决方案。

雇员在签订协议时应当对自己的权益有充分了解，并确保协议内容公平合理。如果雇员认为赔偿金额不足以弥补其损失，应当在签订协议前提出异议并寻求法律途径解决。

因此，雇员在获得交通事故赔偿后，通常不能再向雇主主张额外赔偿。但具体情况还需根据相关法律法规和协议条款来判断。