员工在工作时间擅自离岗，属于违反工作纪律的行为。若在此情况下发生交通事故，根据《中华人民共和国工伤保险条例》的规定，工伤认定通常要求事故发生在工作时间、工作场所内，或因工作原因受到伤害。擅自离岗并非在工作时间内履行工作职责，因此，这种情况下的交通事故通常不会被认定为工伤。

然而，具体情况还需根据相关法律法规和具体的事故情况进行综合判断。若员工能证明其离岗行为与工作有直接关联，或事故发生时正在履行与工作相关的职责，可能会有不同的认定结果。建议咨询专业的法律人士以获取更准确的判断。