停产时抵扣年假的合法性取决于是否经过员工同意和协商。《职工带薪年休假条例》第五条规定，单位可以根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。

因此，如果用人单位在停工停产期间用员工的年休假进行抵扣，需要与员工协商一致。

然而，有案例显示，未经员工同意直接抵扣年假是不合法的。此外，即使在疫情隔离等特殊情况下，也需要事前与员工进行协商。因此，停产时抵扣年假的合法性关键在于是否获得了员工的同意和协商。