根据《劳动合同法》规定，用人单位因被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散而终止劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。分公司虽作为企业的分支机构，但其注销后，若影响到员工的劳动合同履行，应视为用人单位的解散情形。因此，员工劳动关系的终止应适用法定终止情形，公司需支付相应的经济补偿金。

同时，公司在注销分公司前，应依法履行告知、协商等程序，确保员工的合法权益不受侵害。若公司未经协商擅自解除劳动合同，员工可通过劳动仲裁或法律途径维护自己的权益。