分公司被注销后，与员工劳动关系可以适用法定终止情形。根据《劳动合同法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，劳动合同终止：

1. 劳动合同期满的；

2. 劳动者开始依法享受基本养老保险待遇的；

3. 劳动者死亡，或者被人民法院宣告死亡或者宣告失踪的；

4. 用人单位被依法宣告破产的；

5. 用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的；

6. 法律、行政法规规定的其他情形。

因此，分公司被注销后，与员工劳动关系可以适用法定终止情形。在这种情况下，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。