当事人在申请仲裁后达成和解，可以采取以下步骤进行处理：

1、当事人应及时通知仲裁机构双方已达成和解，提供和解协议的副本，并请求暂停仲裁程序。

2、当事人应将和解协议正式提交给仲裁机构，并确保协议的完整性和合法性。

3、当事人可以向仲裁机构提出请求，终结仲裁程序。请求应包括和解协议的副本、双方达成和解的证据以及对仲裁程序的终结的理由。

4、当事人应评估和解协议的法律效力。如果和解协议是具有法律约束力的文件，双方应按照协议履行义务。

5、当事人可以约定监督和解协议履行的机制，以确保双方按照协议的约定履行义务。

需要注意的是，和解协议的处理方式可能因不同的仲裁机构和具体情况而有所不同。当事人在达成和解后，应详细了解仲裁机构的规定，并遵守相关程序和要求。